治四年正月，妥明攻下济木萨；事先，攻下济木萨之东的古城子。四月，攻下奇台，杀了清廷的领队大臣惠庆。六月，肃州的东干分兵攻下哈密，杀了清廷的办事大臣札克当阿。

　　这时候，崛起了一位汉人领袖徐学功。他是乌鲁木齐的农家之子，练得一身武艺，看见汉人到处被屠杀，便号召一些汉人对东干人作战。他的部队逐渐发展，竟有五千之多，人人有马。清廷的奇台知县恒颐与他合作。于是，他便在九月间一举而收复了奇台与济木萨。哈密办事大臣文麟，也在其后不久收复哈密。

　　同治五年五月，妥明攻占塔尔巴哈台(塔城)与伊犁，杀了参赞大臣武隆额与将军明绪。十二月，肃州的东干再度攻占哈密。同治六年四月，清军夺回哈密。(布士尔克在这一年被废，阿古柏自践王位，称毕调勒特汗。)

　　这样，双方相持到同治九年，北疆的形势发生变化。妥明与阿古柏失和，派兵到南疆库车对阿古柏作战，失利。阿古柏收买妥明的大将马仲，对妥明夹攻，妥明向阿古柏投降。于是，北疆的大部分也成了阿古柏的领土。

　　阿古柏让妥明保存清真王名义，召马仲担任“阿奇木”。

　　马仲打徐学功，被徐学功打败，斩杀。马仲的儿子马人得继任“阿奇木”。妥明又与这马人得失和。马人得请求阿古拍出兵，讨伐妥明。阿古柏便约徐学功共同行动，迅速打下吐鲁番与乌鲁木齐二城。妥明退到绥来，被杀。

　　事后，阿古柏把乌鲁木齐交给马人得，引起徐学功的不满。

　　徐学功一时打不下乌鲁木齐，也无力顾及乌鲁木齐以西的各城。

　　阿古柏派兵接收妥明所遗下的伊犁九城，不受本地居民的欢迎。

　　俄皇亚力山大第二见有机可乘，便在同治十年五月偷占伊犁，向清廷说：“一等到中国政府在伊犁行使权力，即行归还”。三年以后，左宗棠打下肃州，清廷派他“督办西征粮台转运事宜”，不叫他负责新疆的军事。，

　　清廷所看重的，却是一位满洲人景廉。景廉是翰林出身，当过内阁学士、工部侍郎，也当过伊犁、叶尔羌的参赞大臣、哈密的“帮办大臣”。做官的经验他有，新疆的事情也不能说不熟悉，然而并无“将略”。

　　这景廉当了九个月“钦差大臣，督办新疆军务”，一筹奠展。他把责任推到左宗棠身上，说左宗棠粮运办得不好，不该由北路用骆驼运粮。

　　左宗棠上疏抗辩，说用骆驼运粮，由包头穿过乌里雅苏台与科布多的地界，到巴里坤(镇西)，虽则是“骆负粮少”，而饲养所耗亦少。倘若依照景福的主张，用车骡运粮，由肃州经安西、哈密，翻天山，到巴里坤，虽则是“车骡负粮多，而饲养所耗亦多”。两种方法比较起来。“车行三十日而所负之粮尽，驼行三十日而所负之粮尚可稍余。”

　　清廷认为左宗棠说得有理，景廉也的确无能，于是在光绪元年三月任命左宗棠为“钦差大臣，督办新疆军务”。景廉被召回，改任“左都御史”。

　　左亲棠向清廷要求，先筹足粮饷然后进兵。清廷准他借“洋债”五百万两，又垫拨了各省协饷三百万两，洋税(关税)二百万两，一共是一千万两。

　　曾国藩一生从未受到过如此的宠遇，他对太平军苦斗了十几年，只花了两千多万两银子，而其中的极大部分，是自己想办法筹来的(募捐、抽厘)。

　　左宗棠准备好饷，买足了粮，把粮食一批一批地先行由南路运往肃州与古城子之间的各站，又经由北路运了不少，囤积在巴里坤。

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