与地方护军府分成三署不同。护军司仿照锦衣卫南司房，设立司务厅、职官厅、后勤厅、装备厅、训练厅，由护军校尉负责，京营护军使直管。”

　　“以后京营的日常事务、官员升降、编制员额、后勤装备、训练动员，都要经过护军司。”

　　“各厅负责的护军校尉，和六部相关衙门对接。”

　　没有使用文官，而是用文职军官替代。

　　李邦华对于这个变通也能接受，欣喜地接受旨意。下决心要整顿好京营，不负皇帝信任。

　　兵部的职位任命后，剩下的就是刑工二部。刑部尚书侍郎，没有发生改变。

　　工部尚书薛凤翔，继续得到留任。署理右侍郎的张文郁，因为建新城的功劳，重新转为实任。

　　被朱由检属意负责商务司的工部左侍郎，被群臣廷推两广总督商周祚担任。

　　至此，京城六部的尚书侍郎，终于彻底满员，再也没有空缺。

　　南京六部尚书，在韩日缵和李长庚被调到京城、黄克缵一再请求致仕的情况下，同样被大规模调换。

　　黄克缵空出来的南京兵部尚书，被朱由检属意的南京户部尚书崔景荣转任。

　　崔景荣空出来的南京户部尚书，被群臣廷推应天巡抚、也就是现在的江南巡抚李待问转任。

　　韩日缵空出来的南京礼部尚书，被群臣廷推曾经担任此职、此时在京城闲住的钱象坤担任。

　　南京刑部尚书潘浚因病离职，被群臣廷推胡应台接任。胡应台是湖广浏阳军籍进士，曾经担任两广总督、南京刑部尚书，如今被重新起复。

　　李长庚空出来的南京工部尚书，被群臣廷推南京兵部左侍郎张凤翔担任。他空出来的位子，被群臣廷推原任陕西巡抚、兵部右侍郎孙居相担任。

　　两人都是属于东林党，他们这种做法，让朱由检心里有些不快，让孙居相仍旧担任右侍郎，没有提升品级。

　　这样调整下来，南京六部尚书，只有王在晋没变，仍旧是南京吏部尚书。

　　随后是任期结束、需要调换的督抚。因为陕西戒严，三边总督和延绥巡抚提前就被任命。保定巡抚卢象升、福建巡抚朱一冯，则是确定留任。

　　两广总督商周祚，被推选为工部左侍郎。他空出来的两广总督一职，在朱由检操纵之下，被群臣廷推原任福建巡抚、打赢澎湖海战的南居益担任。

　　江南巡抚李待问，被推选为南京户部尚书。他空出来的职位，被群臣推举山东右布政使曹文衡担任。

　　此人在年初二月选官时，就被朝廷调任江西左布政使。但因为他在山东干得太好，被当地百姓挽留。如今八月选官，被再一次升迁，担任江南巡抚。

　　云南巡抚谢存仁，因为黔国公沐启元暴卒案，被朱由检认为不称职。在朱燮元的推荐下，朱由检操纵推举，任命袁崇焕担任。

　　袁崇焕空出来的川贵五省护

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